Oct 30 • Aurélien DENIS

CIR / CII : Les bonnes pratiques 2023 du crédit d'impôt recherche

Le crédit d'impôt recherche (CIR) et le crédit d'impôt innovation (CII) sont des dispositifs fiscaux en France conçus pour encourager les entreprises à investir dans la recherche et le développement. Ces crédits offrent des avantages substantiels pour les entreprises qui s'engagent dans des projets innovants. Cependant, obtenir ces crédits n'est pas une mince affaire, et c'est là que les bonnes pratiques entrent en jeu.


Dans cet article, nous explorerons les différentes bonnes pratiques qui peuvent aider les entreprises à maximiser leurs chances d'obtenir les crédits d'impôt recherche et innovation. Que vous soyez une grande entreprise ou une start-up, la mise en place de ces pratiques peut faire la différence.

Crédit Impôt Innovation - grandes étapes

Au sommaire 

Bonne pratique 1 - L'anticipation des démarches CIR / CII et leur gestion continue

L’une des principales bonnes pratiques en terme de sécurisation et d'optimisation pour déclarer un crédit d’impôt recherche de manière sereine est l'anticipation de cette déclaration.

  • Identifier les travaux éligibles,
  • Connaître les dépenses de recherche et d'innovation éligibles, 
  • Récupérer les implications R&D,
  • Analyser les contrats et factures de sous-traitance CIR et CII,
  • Capitaliser les attestations d'agréments des vos prestataires,
  • Collecter les diplômes scientifiques des collaborateurs.

Ce sont autant d’étapes qui ne peuvent pas se faire au moment de déclarer son CIR ou son CII.

Il faudra plusieurs jours voir plusieurs semaines pour collecter et analyser les données nécessaires à la construction du chiffrage.


Il convient d'avoir à l'esprit que la démarche CIR/CII n’est ainsi pas l’affaire d’un moment.


Il est important que la gestion de ces démarches soit un sujet continu afin de mettre en place un contexte favorable à son optimisation et à sa sécurisation

La mise en place des temps,
La recherche de partenaires agréés, 
Le pointage des temps techniques des machines, 
La collecte des diplômes scientifiques...
... sont des actions qui doivent être réalisées au fur et à mesure des travaux et non au moment du chiffrage.

Plus la gestion du CIR et du CII est continue plus les demandeurs de crédits seront sereins en cas de contrôle fiscal.

Bonne pratique 2 : La capitalisation de la documentation 

La documentation joue un rôle clé dans le processus de demande de CIR et de CII et ce à la fois :

  • Pour optimiser la sélection des travaux éligibles,

  • Pour fiabiliser la démarche de chiffrage,
  • Pour anticiper les demandes de l'administration fiscale.




Optimisation de la sélection des travaux éligibles
Capitaliser la documentation technique au fur et à mesure permettra en fin d'année d'identifier plus facilement les travaux éligibles au CIR ou au CII. Cela permet également de s'assurer de la présence d'une documentation suffisante pour pouvoir présenter sereinement ces travaux dans la base des crédits.


 Fiabilisation du chiffrage
Le fait de conserver la documentation financière au fur et à mesure (calcul des temps machines techniques, capitalisation des contrats de sous-traitance et des factures d'achats, collecte des attestations d'agréments) facilitera un chiffrage exhaustif au moment du bilan.



Demande fiscale 

Garder des dossiers techniques détaillés de toutes les activités de R&D ainsi que les méthodes et documents utilisés pour le chiffrage est indispensable pour anticiper toutes demandes de l'administration.
En effet, les déclarations de CIR et CII peuvent être contrôlées jusqu'à 3 ans après leur déclaration. Les personnes qui seront en charge de répondre à ces demandes fiscales ne seront pas nécessairement les même que celles qui ont participé au chiffrage (rotation du personnel), aussi avoir des dossiers bien rangés est capital pour sécuriser la démarche.


Plus la documentation est exhaustive, plus il sera facile de justifier les demandes de crédit.

A noter :
Il est également indispensable de penser à capitaliser les éléments sociaux qui peuvent également être demandés :
  • Bulletins de paie et livre de paie,
  • Contrats de travail et avenant, 
  • Fiches de poste et CV,
  • Suivi des temps techniques.

Bonne pratique 3 : Le suivi des implications sur les travaux de recherche et d'innovation

Il est essentiel de suivre avec précision l'implication technique des machines et des collaborateurs.

Cela implique de collecter des données sur l'utilisation des équipements et de gérer efficacement les ressources humaines pour garantir d'une remontée exhaustive des données.


Le suivi des machines peut être réalisé par des systèmes de gestion de projet qui permettent de documenter la répartition des temps (production, essai, entretien, programmation...).

En ce qui concerne le personnel, toute implication au forfait est interdit. Aussi il est indispensable de disposer d'un système de pointage précis en cohérence avec les fiches de poste des individus afin de pouvoir justifier à l'administration les taux de R&D ou d'innovation retenus dans le chiffrage.

Zoom 1 :
Sécuriser la démarche 2023 en mettant en place
un outil de suivi des temps

Un aspect essentiel du CIR et du CII est le suivi précis des heures consacrées aux opérations de R&D ou d'innovation par le personnel.

Chaque membre de l'équipe technique doit enregistrer finement le temps qu'il consacre à des projets éligibles au CIR ou au CII. L'utilisation de systèmes de pointage, d'outils de suivi du temps, et de calendriers partagés peut grandement faciliter cette tâche. Il est important d'encourager les salariés à documenter les tâches spécifiques qu'ils ont accomplies et à conserver des justificatifs pour chaque opération est une autre bonne pratique.

Voici les 6 points essentiels pour une mise en place réussie d’un outil de suivi des temps :
 Avoir l’adhésion de vos équipes,
 Anticiper la mise en place,
 Demander une saisie exhaustive des temps,
 Prendre le temps de définir les tâches sur lesquelles vont pointer les collaborateurs,
 Encadrer la saisie par la présence de superviseurs,
 Réaliser des extractions intermédiaires pour s'assurer de la qualité et de la cohérence de la saisie.

La mise en place d'un outil de suivi des temps peut entrainer des craintes de la part des collaborateurs. Il sera important d'avoir une approche pédagogique et de prendre le temps d'expliquer aux équipes l'opportunités que représente cette mise en place en terme de financement notamment.

Bonne pratique 4 : Crédit d'impôt recherche & crédit impôt innovation, l'affaire de tous!

Obtenir le CIR et le CII n'est pas seulement un sujet pour les services financiers du demandeur de crédit. 


Il est capital d'impliquer tous les membres d'une organisation dans la démarche car chacun a un rôle à jouer pour garantir le succès d'une demande : 

  • Les services techniques ont la charge de déterminer l’éligibilité des opérations de recherche (ou d'innovation) d’abord puis l’éligibilité au CIR/CII des hommes, des machines et des prestations ensuite,
  • Les services financiers et comptables gèrent le calcul du crédit en identifiant les dépenses de R&D éligibles, ils valident le montant total de la créance et sont les garants du dépôt de la déclaration dans les temps,
  • Les services RH peuvent intervenir à l'occasion du calcul des charges patronales éligibles et lors de la collecte des diplômes scientifiques & des fiches de poste,
  • La direction anime les arbitrages et valide les positions.
    Toutes les éligibilités des travaux, des hommes, des machines et des prestations ne sont en effet pas toujours limpides. Il peut parfois y avoir une notion de subjectivité. En fonction des enjeux, il est ainsi capital que la direction de la société soit présente au moment de la validation des éligibilités et de la validation du crédit. Une notion de gestion du risque peut également entrer en jeu et il nécessaire que la direction soit partie prenante de cette gestion. 

Il sera nécessaire de s'assurer que chaque employé maitrise bien les enjeux des dispositifs et qu'il connaisse bien les avantages potentiels du CIR et du CII dans le financement de l'innovation de l'entreprise. 

Bonne pratique 5 : La veille technologique

La veille technologique est une pratique essentielle pour rester à la pointe de l'innovation et de la recherche et développement.


La connaissance des dernières avancées technologiques dans un domaine permet ainsi de maitriser l'état de l'art de ce domaine et d'identifier des verrous technologiques.

C'est la présence de ces verrous qui justifiera l'éligibilité des travaux au titre du CIR.


Il est ainsi recommandé de mettre en place une veille technologique active pour identifier les opportunités d'éligibilité.

Bonne pratique 6 : Optimiser la gestion des projets de R&D

La gestion efficace des projets de R&D est cruciale.

En tant que demandeur de crédit, il est important de s'assurer d'avoir des processus de gestion de projet solides, avec des objectifs clairement définis, des étapes de suivi et des indicateurs de performance. 

Une demande de crédit peut faire l'objet d'un contrôle. Une gestion bien structurée montrera que les projets sont sérieux, bien organisés et renforcera la crédibilité d'une demande de crédit d'impôt.


Zoom 2 :
Les bonnes pratiques liées au statut jeune docteur


L'embauche d'un jeune docteur peut générer des avantages substantiels en termes de CIR.
Le salaire d'un jeune docteur compte pour le quadruple de son montant par rapport à un salarié classique (deux fois au niveau des dépenses de personnel et deux fois au niveau des frais de fonctionnement).

Voici les conditions à respecter pour pouvoir bénéficier de ce dispositif :
 Un docteur éligible doit avoir un diplôme de niveau BAC+8,  

 Il doit signer son premier CDI dans son domaine d'expertise,
 L'effectif du personnel de recherche salarié de l'entreprise ne doit pas être inférieur à celui de l'année précédente.

Il est essentiel de calculer avec précision l'implication d'un jeune docteur dans les opérations de R&D, en tenant compte du temps partiel et du prorata d'activité. Une attention particulière doit être accordée à ces détails pour éviter tout litige avec l'administration fiscale.

Bonne pratique 7 : Les relations avec l'administration dans le cadre du crédit impôt recherche

Le ministère de l'enseignement supérieur et de la recherche a la charge de contrôler le dispositif du CIR et la cohérence des demandes au regard du code général des impôts.


La communication avec les services des impôts des entreprises est un facteur clé de succès dans l'obtention du CIR et du CII. Il est important d'entretenir des relations ouvertes avec les autorités fiscales. La transparence et l'anticipation des demandes sont capitales.


Lors des interactions avec les autorités, il est nécessaire d'être prêt afin de fournir des informations complètes et précises. Toute incohérence ou manque de documentation peut retarder ou compromettre une demande. Il est indispensable que les personnes en charge des communications avec les services de l'état soient bien informées et formées sur les spécificités des crédits d'impôt pour éviter les malentendus.

Bonne pratique 8 : Consulter la liste des acteurs du conseil en CIR référencés par le Médiateur des entreprises

Les sociétés qui demandent du CIR ou du CII peuvent se faire accompagner par un cabinet évoluant dans le domaine du conseil en innovation. Ce prestataire pourra partager son expérience et permettre d'être efficient dans la démarche.


Le Médiateur des Entreprises est un service national placé auprès du ministre de l'Économie français et qui vient en aide à toute entreprise qui rencontre des difficultés dans ses relations commerciales avec un partenaire. Il est intéressant de noter que dans le cadre de cette médiation des entreprises, ce médiateur a mis en place un dispositif de référencement concernant les conseils en innovation.


Il concerne justement les consultants, experts et cabinets de conseil proposant des prestations aux entreprises dans le cadre de leur déclaration fiscale CIR-CII. 


Ce référencement est, pour les entreprises innovantes, un gage de confiance dans la capacité des cabinets de conseil à entretenir une relation contractuelle mutuellement responsable.


En effet, à leur demande, les cabinets s’engagent à respecter les exigences d’un référentiel et les bonnes pratiques à adopter dans le cadre de la justification du CIR. Ils sont évalués par le Médiateur des entreprises sur leur capacité à respecter et à faire respecter par leurs clients, de façon systématique et durable, ces exigences.


Les demandeurs de crédits qui souhaitent se faire accompagner par un conseil pour leur démarche de déclaration CIR ou CII peuvent consulter la liste des acteurs référencés ici.

Bonne pratique 9 : Découvrir la demande de rescrit CIR pour valider une éligibilité avant de déclarer votre crédit

Le rescrit fiscal est une procédure qui permet aux entreprises de demander une confirmation officielle de l'éligibilité de leurs projets de R&D au CIR et au CII. Cette démarche peut apporter une sécurité juridique et fiscale précieuse.

Lors de la demande de rescrit, il est nécessaire de fournir une description détaillée des opérations de R&D et des dépenses associées. Plus une demande est précise et documentée, plus il sera facile pour l'administration fiscale de confirmer l'éligibilité.

Conclusion : La déclaration du CIR – CII, une démarche structurante

En conclusion, le CIR et le CII sont des outils puissants pour stimuler la recherche et l'innovation en France. Cependant, pour en tirer le meilleur parti, il est essentiel de mettre en place des bonnes pratiques solides.

L'anticipation, la documentation, le suivi, l'implication de tous, la communication avec l'administration et dans certains cas la réalisation de demandes de rescrit ou l'optimisation du statut jeune docteur sont autant de facettes à maîtriser pour réussir.

En suivant ces bonnes pratiques, les entreprises peuvent non seulement maximiser leurs chances d'obtenir ces crédits d'impôt mais aussi améliorer leur gestion de la R&D et renforcer leur compétitivité. 
Les démarches de demande de CIR ou de CII deviennent ainsi structurantes pour les entreprises qui s'engagent dans ces démarches.

Pour aller plus loin  (formation, audit, accompagnement...)

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